前一支為顓頊嬴姓的後代，發源地是甘肅省天水的故秦地。自秦朝滅亡以後，其公族便以國名為姓氏，其後裔多居於陝西等地。後一支則為黃帝姬姓的後代，其發源地在今河南範縣及山東曲阜一帶，後來發展成為中國秦姓繁衍的主流，而且其從一開始就向陝西省境內及湖北省播遷。在戰國時期，秦姓族人北上發展到今天的河北省境內。先秦時期，秦姓已分佈於河南、陝西、山東、湖北、河北等地。
到了西漢初年，為了清除各地的舊貴族及豪強勢力，維護漢朝的中央集權統治，漢高祖劉邦採納了婁敬（劉敬）的建議，遷徙六國貴族的後裔和關東（今陝西省潼關以東的地區）的豪族到關中，從而使之置於中央政府監視之下，人口大約有二十萬之眾，這其中就有山東秦姓的一支豪族遷居扶風茂陵（今陝西省興平縣東北）。這支秦姓人丁興旺，官宦眾多，故世號“萬石秦氏”，從而成為當地一望族。
與此同時，已有秦姓或遷入甘肅、江蘇，或遷入四川、北京等地。大約在漢末或三國時期，源自姬姓後裔的秦姓有一支遷入山西，後形成一大郡望，即太原郡。而秦姓南遷始於秦代以前，魏晉南北朝時，由於北方連年戰亂不斷，秦姓便再次南遷。同時，在今甘肅境內又形成一大郡望，即天水郡。魏晉以後，已分佈於江南許多地方，以江蘇、浙江為主，其中江蘇以無錫，浙江以紹興、寧波最為集中。宋、元、明時期，秦姓有遷至廣西、安徽、貴州、福建、北京、上海等省市者，歷清至近現代，分佈地更廣，遍佈於全國各地，而且還有不少移居海外，從而使秦姓得以更加廣播，枝葉進一步繁茂。
